农民军打进北京，结束了明王朝近三百年的统治，是一个伟大的胜利。他们的进军，受到北京百姓的热情欢迎。各行各业很快安定下来，明朝的大部分官员也都归顺了农民军新政权。李自成和他的战友们都非常兴奋。
农民军迅速建立新的国家机构，国号大顺，任命了内阁、六部及文武百官。派出大顺政权的文武官员到各地去建立地方政府，布置防务，征剿还在顽抗的明朝军队。
但是，大顺军陶醉于已取得的胜利，疏于新秩序的建设。李自成虽然感到，距北京不远的山海关，还驻守着明朝的一支大军，关外还有强大的清军，是个威胁，但是没有认识到局势的严重性、紧迫性。他忙于登基做皇帝，大将们忙于追缴明朝大臣、外戚家中的财富。他们不分轻重，不加区别，对追缴对象，包括对象的家属，采用严刑逼供、残酷拷打的办法，这很不利于安定已归顺的原明朝官员的心。甚至有的大顺军将领强占人家的家眷，占据豪华的住宅，过起了骄奢淫逸的生活。士兵们也私藏着在混乱中抢到手的金银财宝，没有了以前那股旺盛的斗志。军心涣散，纪律松弛。李岩等少数将领看到这种情况的危险，劝告李自成，但没有引起他的重视。
尤其不该的是，大顺军的一些将领，不顾大局，将明朝大臣吴襄抓起来拷打，抄了他的家，大将刘宗敏强占了吴家的歌姬陈圆圆。吴襄是明朝镇守山海关统帅吴三桂的父亲，陈圆圆是吴三桂宠爱的。当有人提醒李自成，吴三桂留在山海关是心腹大患，要赶快解决时，他这才派一个明朝降将去招抚吴三桂，并叫吴襄写信劝儿子归顺。
吴三桂出于保护家属的考虑，准备先归顺大顺政权再说。但当他快到北京时，遇到一些从北京逃出来的明朝官员，一问，知道了他的父亲与爱妾的遭遇，不禁怒火中烧，回头就退到山海关。又想到李自成不会就此罢休，如单独作战，就会受到大顺军与清军的夹攻，死无葬身之地，不如投降清军，对付农民军，还有一条活路。
于是，吴三桂不顾民族大义，写信与关外的清军联系。清军统帅亲王多尔衮哪里会错过这样好的机会，立即答应了吴三桂的请求，带着十多万大军急匆匆赶到山海关外。
李自成听说吴三桂与清兵勾结上了，这才着急，亲自率领六万大军，号称二十万，去攻剿吴三桂。
吴三桂出关叩见多尔衮，又将多尔衮接进关内，杀白马会盟，祭拜天地。商量好对大顺军的办法。
大顺军与吴三桂的叛军相遇了。六万人马，一字排开，长达数里，军容的确威武。吴三桂军队穿着白衣白甲，打出为崇祯皇帝报仇的旗帜，从山海关里冲杀出来，与大顺军混战在一起。杀声震动山谷。
双方正杀得难分难解时，起了一阵大风，飞沙走石，对面看不清人影。埋伏在后边的大量清军，突然冲杀出来，大顺军被冲乱阵势，李自成只得下令退兵。可是大顺军已经没有了秩序，清兵和吴三桂的军队加紧冲杀，大顺军大败而逃。
李自成撤回北京，元气大伤，士兵和将领的斗志都没有了。他决定退出北京，回到陕西老家再说。临行前，他在金銮殿上完成了大顺皇帝的登基典礼。沿途已归降大顺政权的城池，又纷纷反叛，投降了清军和吴三桂。
多尔衮在吴三桂的帮助下，进了北京，从农民军手里抢夺了胜利果实，并于当年就将都城迁到北京，开始了清王朝在全中国的统治。
第二年，清军追击农民军到西安，大顺军抵挡不住，被打散。李自成继续撤退到湖北，牺牲在通山县九宫山下。他的余部，有的参加了南明政权反清的战争。李自成的起义，终于失败。
张献忠在公元1644年11月进入四川，第二年攻占成都，建立大西国，坚持了两年的斗争。公元1647年，大西国在清军进攻下失败，张献忠中箭而死，大西国也灭亡了。
